Die Pfarre Wilhering wurde im Jahr 1784 errichtet. Bis dahin gehörte dieses Gebiet zur Pfarre Schönering. Unter Kaiser Josef II. wurde neben vielen anderen Pfarren auch die Stiftspfarre gegründet. Die Pfarre ist seit jeher mit dem Zisterzienserstift Wilhering verbunden, welches im Jahr 1146 gegründet wurde.
Die Zisterzienser waren ursprünglich ein rein kontemlativer Orden, der keine Pfarrseelsorge ausübte. Daher wurde auch die Bevölkerung dieses Gebietes seelsorglich weiterhin durch die Pfarre Schönering betreut. Ausgenommen waren nur jene, die im unmittelbaren Bereich des Stiftes lebten. Für sie gab es eine eigene Leutkirche, die Bernardikapelle, die sich beim heutigen Ausgang des Stiftshofes befand. Erst im Laufe der Jahrhunderte haben die Zisterzienser auch Pfarren übernommen. Bei der Gründung der Stiftspfarre im Jahr 1784 wurde selbstverständlich ein Pater des Stiftes Seelsorger der neuen Pfarre. Zugleich wurde die Stiftskirche, die nach dem großen Brand im Jahr 1733 neu erbaut wurde, auch Pfarrkirche.
